El órgano del convento de los Padres dominicos es uno de los más importantes de Pamplona. Fue reconstruido en el año 1991 por el taller de José María Arrizabalaga, según las características de un órgano barroco ibérico. No se conoce la fecha exacta de construcción del instrumento, ni tampoco su autoría, aunque por algunas características parece tratarse de Silvestre Thomas, organero aragonés heredero del taller de Bartolomé Sánchez. Este fue un lerinés que se instaló en Zaragoza y que construyó numerosos órganos por todo Aragón. Silvestre Tomás se casó con una de sus hijas, y de esa manera continuó la actividad del taller a la muerte de Sánchez.
La caja del órgano de Santo Domingo guarda ciertas semejanzas con la del órgano de la parroquia de San Cipriano, en Isaba, en el cual la autoría de Thomas sí está acreditada por diversa documentación y por su firma en el interior del secreto.
El proyecto de reconstrucción de este órgano fue una empresa ambiciosa, y de este modo el resultado fue un instrumento muy completo en cuanto a composición tímbrica, muy cómodo para el intérprete y muy bien diseñado y construido. Un órgano a la altura de la monumental iglesia que lo alberga. En este lugar se desarrolla una actividad musical importante a lo largo de todo el año, mediante conciertos y actividades del ciclo Música para órgano en Navarra, de diversas actividades de la Asociación Navarra de amigos del órgano y también de varios programas musicales del Ayuntamiento de Pamplona.
